Au XI° siècle, l'évêque de Pise reçoit l'investiture des évêques corses et les Pisans dominent la Corse pendant 2 siècles.
Commencent alors les constructions d'églises et ponts pisans.
En 1284, Gênes entre en conflit avec Pise dont il détruit la flotte.
En 1299,Pise accorde à Gênes la domination totale de la Corse.
Gênes va règner sur l'ile pendant 6 siècles.
Assaillis par les Sarrasins, les Aragonais et...les Français, Gênes va ceinturer l'ile de tours de surveillance sur le littoral et de tours intérieures et maisons fortes pour la protection du peuple.
Des citadelles seront érigées telles qu'Ajaccio en 1492 et Porto-Vecchio en 1539. Se succéde la période de Sampiero Corso,Corse allié aux Français et aux Turcs, mais la guerre s'enlisera jusqu'au traité de Cateau-Cambresis en 1559, où Gênes reprend possession de l'ile.
Sampiero débarque au Golfe de Valinco en 1556, mais il est tué en 1567 près de Cauro, son fils tiendra 2 ans de plus avant de retourner en France en 1569.
Gênes régne sur la Corse jusqu'à la guerre d'indépendance en 1729.